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파이썬을 활용한 생명정보학 / 티아구 안타오 지음 ;김태윤 옮김
파이썬을 활용한 생명정보학 책표지
  • ·표제/책임표시사항 파이썬을 활용한 생명정보학 / 티아구 안타오 지음 ;김태윤 옮김
  • ·발행사항 서울 : 에이콘, 2020
  • ·형태사항 466 p. :삽화(일부천연색) ;24 cm
  • ·주기사항 원표제:Bioinformatics with python cookbook(2nd ed.)
    색인수록
    원저자명: Tiago Antao
    영어 원작을 한국어로 번역
  • ·표준번호/부호 ISBN: 9791161753843  93000: \36000 
  • ·분류기호 한국십진분류법-> 005.133  듀이십진분류법-> 005.133  
  • ·주제명 파이썬[Python]생체 정보 공학[生體情報工學]
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티아구 안타오 지음 ;김태윤 옮김 2020 SE0000480869 005.133-19-50 일반자료실(서고) 서고 비치(온라인 신청 후 이용) 0 - 인쇄자료(책자형) 
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목차


1장. 파이썬과 주변 생태계 
__소개
__아나콘다를 사용한 필요 소프트웨어 설치
__도커를 사용한 필요 소프트웨어 설치
__rpy2를 통해 R과 인터페이스 만들기
__주피터 노트북에서 R 매직 명령어 사용하기

2장. 차세대 염기서열 분석 
__소개
__NCBI와 진뱅크 데이터베이스 둘러보기
__염기서열 분석의 기초
__배우기
__FASTQ 파일 다루기
__정렬 데이터 다루기
__VCF 파일 데이터 분석하기
__게놈 접근성과 SNP 데이터 필터하기
__HTSeq로 NGS 데이터 처리하기

3장. 게놈 데이터 다루기 
__소개
__좋은 품질의 참조 게놈 다루기
__낮은 품질의 참조 게놈 다루기
__게놈 주석 살펴보기
__게놈 주석으로 원하는 유전자 추출하기
__Ensembl REST API로 오소로그검색
__Ensembl REST API로 유전자 온톨로지 정보 검색

4장. 집단유전학
__소개
__PLINK 형식 데이터셋 관리하기
__Genepop 파일 형식 소개
__Bio.PopGen으로 데이터셋 탐색하기
__F - 통계 계산하기
__주성분 분석하기
__ADMIXTURE 프로그램으로 집단 구조 조사하기

5장. 집단유전학 시뮬레이션
__소개
__순방향 시뮬레이터 소개
__선택 시뮬레이션
__섬 모델과 디딤돌 모델을 사용한 시뮬레이션
__복잡한 집단 통계 모델 만들기

6장. 계통 발생학
__소개
__계통 발생학 분석을 위한 데이터셋 준비
__유전자와 게놈 데이터 정렬
__서열 데이터 비교하기
__계통수 그리기
__재귀적으로 계통수 다루기
__계통수 시각화하기

7장. 단백질 데이터 뱅크 사용하기 
__소개
__데이터베이스에서 단백질 정보 찾기
__Bio.PDB 소개
__PDB 파일에서 더 많은 정보 추출하기
__PDB 파일에서 분자간 거리 계산
__기하학적 계산하기
__PyMOL로 애니메이션 만들기
__Biopython을 사용해 mmCIF 파일 파싱하기

8장. 생명정보학 파이프라인
__소개
__갤럭시 서버 소개
__API를 사용해 갤럭시 사용하기
__갤럭시 도구 개발
__일반적인 파이프라인 사용법
__Airflow를 사용해 유전변이 분석 파이프라인 만들기

9장. 파이썬으로 유전체 빅데이터 다루기 
__소개
__HDF5 데이터 형식
__대스크 라이브러리로 병렬분산처리
__파케이 데이터 형식
__스파크 라이브러리로 병렬분산처리
__사이썬과 눔바로 코드 최적화

10장. 생명정보학의 다른 주제들 
__소개
__QIIME2로 메타지노믹스 분석하기
__생식세포계열로 공통 염색체 찾기
__REST API로 GBIF 데이터베이스 사용하기
__GBIF의 지리 참조 데이터 다루기
__사이토스케이프로 단백질 네트워크 시각화

11장. 고급 차세대 염기서열 분석 
__소개
__분석을 위한 데이터셋 준비하기
__멘델리언 오류로 데이터 품질 관리
__의사 결정 나무를 사용한 데이터 탐색
__표준 통계로 데이터 탐색
__주석 데이터로 생물학적 특성 찾기